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“殺菌"，它不僅僅指飲料的后殺菌，而且應包括設備的殺菌，原料的殺菌，包裝物的殺菌，甚至也包括生產場地、人員等的清潔衛生工作。??植物蛋白飲料本身即是優良的微生物培養基。據有人試驗，滅菌豆奶暴露在空氣中20分鐘后，細菌即可達無法計數。由此可見，無論哪個生產環節沒有做好嚴格的殺菌工作，都可能導致飲料的劣變：如pH值下降，分層沉淀，變質等。
人們往往不重視設備、容器、管道的嚴格消毒滅菌工作，在使用后、停產前僅用熱水甚至冷水沖洗。我們認為，蛋白飲料最好連續生產。如要中斷生產，在24小時以內，可分別在停機后和開機前用沸水將所有接觸料液部分浸沒沖洗10分鐘以上；超過24小時，必須用65℃、2%燒堿水沖洗5分鐘以上（如有結垢，應在洗凈堿水后，再用2%硝酸液清洗5分鐘以上），再用開水沖洗10分鐘后備用。?????
包裝容器的殺菌清洗也至關重要。特別是玻璃瓶，往往是回收的，其內壁殘存蛋白飲料，細菌無法計算。必須用65℃、2%澆堿水浸泡沖洗5～10分鐘，或用5%常溫燒堿水浸泡20分鐘以上。?????
總之，必須杜絕任何細菌可能進入飲料的通道，方能制得合格產品。有人認為，反正最后要進行高溫殺菌，生產過程中可以馬虎一些。須知：飲料在生產過程中細菌已無法計數了，高溫殺菌也不可能做到絕對無菌，這樣飲料保存一段時間后細菌超標就不可避免了。?????
理解了殺菌的重要性，溫度和時間的重要性就很好理解。控制溫度和時間，其目的都為了控制微生物的滋生，防止飲料在生產過程中的變質。在生產過程中，料液如已經微生物超標，則將難以保證最終產品的質量和保質期。我們可以通過控制溫度和時間，以確保生產過程中微生物不至大量繁殖。?????
微生物生長的最適溫度在25～35℃左右，溫度的升高，將使微生物的繁殖受到抑制；高溫可導致大部分細菌“熱致死"。????
在70℃以上可以殺滅大部分嗜冷菌和嗜溫菌，嗜熱菌的活性也受到抑制。因此，在生產過程中?，盡早將料液的溫度提高到70℃以上，并一直維持在70℃以上，這應當作為我們對生產溫度的基本要求；由于時間越長，微生物污染的可能性越大，因此生產過程時間越短越好，飲料從磨漿至進入殺菌鍋不應超過一小時，這應作為我們對生產操作時間的基本要求。
有的企業生產設備不配套，前工序的設備小而殺菌鍋太大，因此料液要經長時間擱置才能裝滿一鍋，造成時間延長，溫度下降，所以飲料總是做不好。建議加強設備配套，批量宜小，節奏要快，溫度要高，才能做出好的植物蛋白飲料.
